Doanh nghiệp thay mặt chủ hàng trực tiếp làm thủ tục hải quan cho hàng hoá nhập khẩu (trừ thư, túi ngoại giao, túi lãnh sự) và thực hiện khai hải quan cho từng chuyến hàng được vận chuyển đến địa điểm làm thủ tục hải quan. Việc khai hải quan bao gồm cả phân luồng hàng hóa theo quy định nêu trên. Riêng hàng quà biếu tặng, hàng mẫu gửi cho tổ chức, thương nhân tại Việt Nam có giá trị tính thuế dưới 05 triệu đồng nhưng tổng số tiền thuế phải nộp dưới 50 ngàn đồng không phải làm thủ tục xét miễn thuế, thực hiện khai hải quan và kiểm tra hải quan theo quy định đối với hàng hóa không phải nộp thuế. Đối với hàng hoá phải nộp thuế, hàng hoá thuộc quản lý chuyên ngành, kiểm tra chất lượng nhà nước, kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm, hành lý của người xuất cảnh, nhập cảnh thì thực hiện khai hải quan riêng trên từng tờ khai hải quan cho từng lô hàng.